Evaluation de la méthode MALDI-TOF pour l’identification des staphylococques à coagulase négative (SCN)
L’objectif de cette étude menée au Canada et aux USA était d’évaluer les performances de la méthode MALDI-TOF (Matrix-assisted laser desorption/ionization-Time of flight) associé à une base de données courante ou ‘maison’ pour l’identification des SCN rencontrés dans l’espèce bovine.
Dans ce but, les auteurs ont utilisé comme gold standard les données de génotypage disponibles pour 861 souches de SCN. Ils ont ensuite comparé les performances de la méthode MALDI-TOF à ce gold standard. Parmi les 861 souches, 21 espèces différentes de SCN étaient présentes dont les plus représentées étaient : S. chromogenes, S. haemolyticus, S. simulans et S. xylosus. Deux types de bases de données ont été utilisées pour le MALDI-TOF : la base de données que l’on pourrait appeler commerciale et celle crée et incrémentée par expérience au sein du laboratoire.
Il en ressort les résultats principaux suivants :
En utilisant la méthode de transfert directe associée à la base de données commerciale, l’aptitude à typer les SCN était de 96,5% (831/861) avec une précision de 99,2%.
En utilisant la base de données commerciale incrémentée de 13 spectres « maison », l’aptitude à typer les SCN était de 99.2% avec une précision de 99,4%.
Les seules erreurs de la méthode concernaient un faible pouvoir de discrimination entre S. hyicus et S. chromogenes voire S. agnetis et un manque de sensibilité pour détecter certaines souches de SCN comme S. arlettae, S. gallinarum et S. vitulinus.
En conclusion
Il ressort, dans les conditions de cette étude, que le MADI-TOF est une méthode précise et fiable pour l’identification des SCN isolés chez les bovins. Un avantage de cette méthode est de pouvoir créer et incrémenter sa propre base de données, afin d’améliorer en continu ses performances, tout en réduisant le nombre de cibles à identifier, ceci sans perte en précision.
Il s’agit d’une méthode qui se démocratise de façon très rapide à travers le monde, de par sa fiabilité, rapidité et coût des analyses une fois l’investissement initial de l’équipement réalisé. Elle a déjà supplanté en médecine humaine les méthodes d’identifications bactériennes classiques.
Résumé Article “Evaluation of MALDI-TOF mass spectrometry and a custom reference spectra expanded database for the identification of bovine-associated coagulase negative staphylococci.” Cameron M., Perry J., Middleton J., Chaffer M., Lewis J., Keefe G.P. Journal of Dairy Science, 2017, (101): 590-595
GP FR/ORUM/0418/0032